如果运输活物因船舶临时停靠时间过长部分死亡被认定为单独海损，损失计算通常考虑以下几个方面：

货物本身价值损失

• 按市场价值计算：以货物在目的港的市场价值为基础，如果活物在正常到达目的地时能够出售，那么可以参考目的地市场上同类活物的平均售价来确定损失价值。如果部分活物死亡，根据死亡数量乘以单个活物的市场价值，得出这部分货物的价值损失。

• 按成本价值计算：对于一些有特定养殖或培育成本的活物，如名贵鱼种、特种养殖动物等，可以计算其养殖或培育过程中的成本投入，包括购买幼崽、饲料、养殖设备、人工费用等，再根据死亡数量占总运输数量的比例，分摊计算出成本损失。

相关费用损失

• 运输费用损失：货主已经支付了从装货港到目的港的全程运输费用，但由于部分活物死亡，这部分死亡活物所对应的运输费用实际上是白白支出的，应作为损失的一部分。可以根据运输合同中约定的运费计算方式，按照死亡活物的重量、体积或价值占总货物的比例，计算出相应的运输费用损失。

• 额外处理费用：对于死亡的活物，需要进行妥善的处理，如冷藏、掩埋、焚烧等，这些额外产生的处理费用应计入损失。同时，如果为了避免死亡活物对其他货物或船舶环境造成影响而采取了特殊的防护或清理措施，相关费用也应一并计算。

预期利润损失

• 商业利润损失：如果货主是从事活物买卖业务的，部分活物死亡导致能够出售的货物数量减少，从而使货主预期的商业利润受损。可以根据以往的销售记录、市场行情以及合同约定的销售价格，计算出因活物死亡而减少的销售收入，再扣除相应的成本后，得出预期商业利润损失。

• 生产经营利润损失：对于一些将活物用于生产经营活动的货主，如养殖企业将种畜运输用于繁殖、科研机构将实验动物运输用于研究等，部分活物死亡可能会影响到后续的生产经营活动和预期收益，需要根据具体情况进行合理估算。

保险赔偿相关损失

• 保险金额与实际损失的差额：如果货主投保了货物运输保险，在确定损失时，需要考虑保险合同的约定。一般情况下，保险公司会根据保险金额和实际损失进行赔偿，但如果保险金额低于货物的实际价值，货主可能需要自行承担保险金额与实际损失之间的差额部分。

• 保险理赔费用：在向保险公司索赔的过程中，货主可能需要支付一定的理赔费用，如检验鉴定费、律师费、差旅费等，这些费用也应作为损失的一部分。

以上损失计算方法仅供参考，在实际操作中，往往需要专业的检验鉴定机构对活物死亡的原因、数量、价值等进行评估和鉴定，并根据具体的运输合同、保险合同以及相关法律法规进行综合计算和确定。

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