取样时，要使用专用无菌取样器，选取压载舱不同深度、位置多点采样，保证样品代表性，如在舱体顶部、中部、底部及靠近进出口处取样；样品采集后迅速低温保存，送往实验室。分析过程，先检测常规理化指标，如 pH 值、盐度、浊度，了解水质基本情况；再针对生物指标，采用显微镜计数浮游生物、微生物数量，利用分子生物学技术检测特定有害物种基因片段，判定是否超标；还有化学分析检测重金属、营养盐含量，依据 IMO 等标准对比，只有各项指标合格，船舶压载水排放才合规。
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