备案管理：开展跨境电商业务的企业通常需向海关办理相关备案手续，如跨境电商企业、物流企业等，以便海关对企业信息进行记录和管理，不过，自 2024 年 12 月 15 日起，开展跨境电商出口海外仓业务的企业，无需向海关办理出口海外仓业务模式备案15.
信用管理：海关会根据企业的进出口信用状况，实施差别化的监管措施。对于信用等级高的企业，给予更多的通关便利；而对于存在违规行为或信用不佳的企业，则会加强监管力度。
申报要求：跨境电商企业或其代理人需通过国际贸易 “单一窗口” 或跨境电商通关服务平台，向海关传输交易、物流等电子信息。自 2024 年 12 月 15 日起，跨境电商零售出口和企业对企业出口清单申报前，无需传输收款单电子信息，但企业要对数据真实性承担相应法律责任1.
商品归类与价值申报：企业应按照海关规定的商品归类原则，准确对跨境电商货物进行归类，并如实申报货物的价值。价值申报需合理，过高或过低都可能导致问题，如被征收高额税款或被视为欺诈行为7.
禁限品申报：对于禁止或限制进出口的物品，如仿制品、危险品、濒危动植物及其制品等，企业在申报时需进行特殊处理，严格审核所进口的商品是否违反相关规定7.
零售出口税收政策26 ：
增值税、消费税退（免）税政策：自 2014 年 1 月 1 日起，符合条件的电子商务出口企业出口货物，同时符合相关条件的，适用增值税、消费税退（免）税政策。相关条件包括企业属于增值税一般纳税人并已办理出口退（免）税资格认定、出口货物取得海关出口货物报关单且与电子信息一致、出口货物在退（免）税申报期截止之日内收汇等。
增值税、消费税免税政策：电子商务出口企业出口货物如不符合退（免）税政策条件，但同时符合已办理税务登记、出口货物取得海关签发的报关单、购进出口货物取得合法有效的进货凭证等条件的，适用增值税、消费税免税政策。
综试区零售出口无票免税政策：自 2018 年 10 月 1 日起，对跨境电子商务综合试验区内电子商务出口企业出口未取得有效进货凭证的货物，同时符合在综试区注册并登记出口信息、通过综试区所在地海关办理申报手续、货物不属于取消出口退（免）税的货物等条件的，试行增值税、消费税免税政策26.
出口退运商品税收政策：自 2023 年 1 月 30 日起至 2025 年 12 月 31 日止，在跨境电子商务海关监管代码项下申报出口，因滞销、退货原因，自出口之日起 6 个月内原状退运进境的商品（不含食品），免征进口关税和进口环节增值税、消费税；出口时已征收的出口关税准予退还，出口时已征收的增值税、消费税参照内销货物发生退货有关税收规定执行26.
查验方式：海关会根据风险评估等因素，对跨境电商货物进行查验，以确保货物的真实性、合法性和准确性 。
先查验后装运试点：在上海、杭州、宁波、厦门、青岛、郑州、武汉、长沙、广州、黄埔、成都、西安海关等 12 个直属海关开展出口拼箱货物 “先查验后装运” 监管模式试点。允许跨境电商出口货物以散货形式进入海关监管作业场所（场地），先行接受海关查验，然后再根据实际需求灵活拼箱装运15.
跨关区退货监管模式试点：在北京、天津、大连、哈尔滨、上海、南京、杭州、宁波、合肥、福州、厦门、南昌、青岛、郑州、长沙、广州、深圳、黄埔、成都、乌鲁木齐海关等 20 个直属海关开展跨境电商零售出口跨关区退货监管模式试点。允许跨境电商零售出口（9610 模式）退货商品跨直属关区退货，退货商品应当退至开展跨境电商零售出口业务的海关监管作业场所（场地）15.
对于进入海关特殊监管区域或保税物流中心（B 型）的跨境电商货物，按照相关特殊区域的监管规定进行管理，如货物的存储、流转、加工等都有特定的要求和限制 。
