当货物因知识产权纠纷被暂扣,企业应第一时间联系海关,获取详细的暂扣通知及涉及的知识产权信息,明确投诉方及所涉知识产权的具体内容。若企业认为自身不存在侵权行为,需收集相关证据,如自主研发证明、知识产权授权文件、在先使用证据等,向海关提交申诉材料,并积极与投诉方沟通,尝试协商解决纠纷。若确实存在侵权风险,可与投诉方协商达成和解协议,如支付许可费用、停止侵权行为等,之后凭借和解协议向海关申请解除暂扣。若纠纷无法通过协商解决,可能需通过法律途径,如向知识产权管理部门或法院申请裁定,根据裁定结果处理货物清关事宜。