当清关时发现货物短装，企业应首先与发货人沟通核实情况，确认是否为发货失误。若确定短装，企业需向海关如实申报实际到货数量，并提供相关证明材料，如发货方出具的短装说明、运输途中的相关记录等。海关会根据实际情况进行处理，可能会要求企业补充缺失货物，若无法补充，对于涉及许可证件管理的货物，企业可能需重新办理相关证件以匹配实际到货数量，对于已缴纳税款的货物，多缴部分可申请退税。
若发现货物溢装，企业同样要及时向海关报告，说明溢装情况及原因。海关会核实溢装货物的真实性和合法性。对于溢装货物，企业可选择将其退运出境，按海关规定办理退运手续；若符合海关相关规定且企业有进口需求，也可在办理相关手续、缴纳相应税费后，将溢装货物正式进口，但对于一些特殊货物（如限制进口货物等），溢装部分可能无法直接进口，需按特殊规定处理。
