保税区货物清关出区，手续依货物用途不同而有别。若货物出区进入国内市场销售，企业需向保税区海关申报进口，提交进口报关单、发票、装箱单等常规单证，同时根据货物属性，可能还需提供许可证件，如进口食品需提供食品经营许可证等。海关会按照货物进口的相关规定征收关税、增值税等税费。
若是出区用于加工贸易，企业需先在主管海关办理加工贸易手册备案等手续，再向保税区海关申报出区，将货物转至加工贸易企业进行加工，海关对货物实施监管直至加工完成后复出口或办理内销等后续手续。若货物出区是用于特定区域（如出口加工区等）或特定企业（如享受特定政策的企业），则需按相应区域和企业的政策规定办理出区手续，提交对应证明文件等。
