无人船舶在渔业捕捞中的技术难点之一是鱼群探测的准确性。虽然有鱼群探测设备，但在复杂的海洋环境中，如海水的温度、盐度变化，以及海底地形的影响，可能导致探测结果不准确。此外，不同种类的鱼群习性不同，如何准确识别和定位目标鱼群是一个挑战。另一个难点是捕捞设备的自动化控制。无人船舶需要根据探测到的鱼群信息，自动控制渔网、渔钩等捕捞设备的投放和回收。但在实际操作中，由于海洋环境的不确定性，如水流、风浪等，可能影响捕捞设备的精准操作，导致捕捞效率低下或设备损坏。通信问题也是一个关键难点。在远离海岸的渔场，信号可能较弱或不稳定，影响无人船舶与岸上控制中心的通信，导致无法及时传输鱼群信息和接收控制指令。同时，无人船舶在渔业捕捞中的能源供应也是一个问题，长时间的捕捞作业需要可靠的能源保障，而目前的能源补给方式还存在一定的局限性。
