可采用多种合规处理方法。物理处理法中的过滤技术，通过精细滤网过滤压载水中的浮游生物和大颗粒物质，可有效去除大部分较大尺寸的生物。紫外线消毒法利用紫外线照射压载水，破坏微生物的 DNA 结构，使其失去活性，达到杀灭微生物的目的。化学处理法则使用化学药剂，如次氯酸钠等消毒剂，与压载水混合反应，杀灭其中的有害生物，但要严格控制药剂用量，避免对环境造成二次污染。还有采用先进的组合处理工艺，如先过滤再进行紫外线消毒和化学消毒，确保处理后的压载水各项指标符合国际海事组织《压载水管理公约》的要求，防止外来物种通过压载水排放造成生态入侵 。
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