通常情况下，海员在出入境时以海员证为主，护照为辅，以下是具体的使用顺序和注意事项：
出境：
值机：在机场办理值机手续时，一般需同时出示海员证和护照，向航空公司工作人员表明海员身份和旅行目的等12。
卫生检疫：在进行卫生检疫时，主要出示海员证，以便工作人员核对海员健康证件12。
边防检查：到边防检查验证过关时，出示海员证，边防人员会在海员证上签注出境章12。
特殊情况：如果前往的国家或地区对护照有特别要求，可能还需要在相应环节出示护照。
入境：
边防检查：海员所乘飞机到达中国机场后，持海员证到边防检查入境，边防在海员证签注入境章12。
行李提取：完成边防检查后，凭行李牌到取行李处提取行李12。
其他检查：有时可能会被卫生检疫部门要求抽样检查艾滋病等，建议着装整齐并保持饱满的精神，积极配合检查12。
证件有效期：确保海员证和护照都在有效期内，一般海员证的有效期通常为 5 年，护照有效期一般为 10 年，临近有效期时应及时办理延期或换证手续。
信息一致性：海员证和护照上的个人信息，如姓名、性别、出生日期、国籍等，必须与本人实际情况完全一致，如有变更应及时办理证件更新。
签注与盖章：出入境时要确保边防人员在海员证上的签注和盖章完整、清晰，入境后应及时检查海员证上是否有入境章，以免下次出境时遇到麻烦12。
携带与保管：海员证和护照应随身携带，妥善保管，不要将证件放在托运行李中，以防丢失或损坏。在境外期间，更要注意保管好证件，避免被盗或遗失。
目的地国家要求：不同国家和地区对海员出入境的证件要求可能有所不同，有些国家可能只承认海员证，而有些国家可能要求同时出示护照和海员证，甚至可能还需要办理特定的签证。在出行前，务必了解目的地国家的相关规定。
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