在海运代理合同中，运费结算方式及逾期付款违约责任的明确至关重要，具体可从以下方面着手：

• 运费结算方式：

• 结算周期：明确运费结算的周期，例如 “运费应在货物装船后 [X] 个工作日内结算”，或者 “每月的 1 日至 5 日对上一个月完成运输的货物进行运费结算”。这样可以使双方清楚知晓运费结算的时间节点，便于财务安排。

• 结算货币：规定运费结算所使用的货币种类，如 “运费以美元结算”，避免因货币汇率波动或结算货币不明确引发纠纷。同时，若涉及跨境交易，还需考虑货币兑换的相关事宜，如汇率的确定方式（可以约定以结算当日银行的现汇卖出价为准）。

• 支付方式：详细说明运费的支付途径，比如 “委托方应通过银行电汇的方式将运费支付至海运代理方指定的银行账户”，或者 “委托方可以使用信用证支付运费，信用证应在合同签订后的 [X] 个工作日内开立，并符合国际商会现行的《跟单信用证统一惯例》相关规定”。对于一些小额运费，也可以约定采用电子支付平台（如 PayPal 等）进行支付，但需明确手续费的承担方。

• 逾期付款的违约责任：

• 逾期利息：确定逾期付款的利息计算方式，例如 “若委托方未能在合同约定的时间内支付运费，每逾期一天，应按照未支付运费金额的 [X]% 向海运代理方支付逾期利息”。这里的逾期利息率应根据市场利率水平、资金成本以及双方的谈判地位等因素合理确定，既要对委托方的逾期行为起到约束作用，又不能过高而显得不合理。

• 违约金：除了逾期利息外，还可以设定违约金条款，如 “若委托方逾期付款超过 [X] 天，除支付逾期利息外，还应向海运代理方支付相当于未支付运费金额 [X]% 的违约金”。违约金的设定旨在进一步加重委托方的违约责任，促使其按时支付运费。但违约金的数额也应合理，过高可能会被法院认定为过高而进行调整。

• 暂停服务或留置货物的权利：合同可以赋予海运代理方在委托方逾期付款达到一定程度时暂停服务或留置货物的权利，例如 “若委托方逾期付款超过 [X] 天，海运代理方有权暂停后续的运输服务，直至委托方支付全部逾期运费及相关费用；若委托方逾期付款超过 [X] 天且经海运代理方书面催告后仍未支付，海运代理方有权留置货物，并按照法律规定的程序处置货物以实现其债权，但应提前 [X] 天书面通知委托方”。不过，在行使留置权时，海运代理方需要严格遵守相关法律规定，确保程序合法合规，避免因不当留置而承担法律责任。

• 解除合同的权利：当逾期付款情况严重且持续时间较长时，海运代理方应有权解除合同，并要求委托方承担因此造成的损失，例如 “若委托方逾期付款超过 [X] 天，海运代理方有权解除合同，并要求委托方支付已完成运输服务的运费、尚未支付的逾期运费及利息、违约金，以及因解除合同给海运代理方造成的其他直接和间接损失（如为安排后续运输而支付的额外费用、与第三方的违约赔偿等）”。这样可以保护海运代理方的合法权益，使其在面对严重违约的委托方时有相应的救济措施。