进口药品通过海运时，关税与国内药品监管政策存在多方面的关联，主要体现在以下几个方面：
注册审批决定关税适用范围：国内药品监管政策要求进口药品必须经国务院药品监督管理部门组织审查，获得进口药品注册证书后，方可进口。只有取得注册证书的药品，在进口时才能按照正常的关税政策和程序进行申报纳税。对于未获得注册的药品，一般情况下不允许进口，也就不存在关税的问题。但在海南自由贸易港的博鳌乐城国际医疗旅游先行区，对于尚未获得我国批准注册，但经海南省人民政府批准允许在先行区内进口使用的药品，可享受 “零关税” 政策2。
特殊药品的监管与关税：进口麻醉药品、精神药品等特殊管理药品，必须持有国务院药品监督管理部门发给的《进口准许证》《出口准许证》等相关许可证件，在符合监管要求的前提下缴纳关税等税费后进口。如果违反相关规定进口，不仅会面临法律处罚，还可能导致关税的违规处理，如补缴、加征滞纳金等。
质量标准影响关税征收：国内药品监管政策规定进口药品必须符合中国的国家药品质量标准，包括成分、含量、杂质、微生物限度等。如果进口药品经检验不符合质量标准，可能会被责令退运或销毁，无法进入国内市场，也就不会产生正常的关税缴纳情况。而对于符合质量标准的药品，则按照规定的关税税率征收关税9。
检验检疫与关税程序：海关在对进口药品进行查验时，会依据国内药品监管政策要求，检查药品的包装、标签、说明书等是否合规，以及是否有相关的检验检疫证明等。只有在检验检疫合格并完成其他监管手续后，才会进入关税征收和放行环节。如果在检验检疫过程中发现问题，可能会导致货物滞留、补充申报等，进而影响关税的及时征收和进口流程9。
政策目的与监管协同：政府为了满足特定的医疗需求或支持特定区域的发展，会出台一些关税优惠政策，如海南自由贸易港药品、医疗器械 “零关税” 政策。但这些政策通常都伴随着严格的监管要求，需要进口单位严格遵守国内药品监管政策和海关监管规定，确保免税药品、医疗器械的合法使用和全流程监管。在进口时，需由先行区管理局会同海南省药品监督管理部门核实每批进口药品、医疗器械的注册证或相关批准文件，并函告有关单位所在地海关、税务部门2。
违规处理与关税补缴：对于享受税收优惠政策的进口药品，如果违反相关规定进行转让、销售或带出特定区域等，不仅要面临国内药品监管部门的处罚，还需要补缴进口关税、进口环节增值税等。如在海南自由贸易港的政策中，有关单位因客观原因按相关规定转让免税药品、医疗器械的，应事先经海南省药品监督管理、卫生健康等部门审核同意，并按规定补缴税款。
国内流通监管与后续关税：进口药品在进入国内市场后，其在国内的流通、销售和使用环节都受到严格的监管，如药品经营企业必须具备相应的资质和条件等。如果进口药品在国内流通环节违反监管政策，可能会被查处并影响其后续的进口及关税情况，甚至可能导致对该药品进口企业的整体进口业务进行整顿和规范，进而影响其关税待遇。
使用监管与关税调整：在特定区域如海南博鳌乐城国际医疗旅游先行区内，对于进口药品的使用有明确规定，如医疗机构凭本机构医师开具的处方（医嘱）向患者销售免税药品、医疗器械，且销售量应符合诊疗需要及处方管理有关规定等。如果违反这些使用规定，可能会导致相关单位失去免税资格，后续进口药品需按正常税率缴纳关税。
