海关对保税区内的货物存储和流通主要通过以下方式进行监管：
注册登记：要求在保税区内设立的企业必须向海关办理注册手续，提交相关的文件和资料，经海关审核批准后，方可开展业务。企业需具备合法的经营资质、符合海关监管要求的场所和设施等12.
账册管理：区内企业应当依照国家有关法律、行政法规的规定设置帐簿、编制报表，凭合法、有效凭证记帐并进行核算，准确记录有关进出保税区货物和物品的库存、转让、转移、销售、加工、使用和损耗等情况，并与海关实行电子计算机联网，进行电子数据交换，以便海关实时掌握企业货物的动态信息1.
存储条件审核：海关会对保税区仓库及存储设施进行审核，确保其符合安全、消防、环保等方面的要求，并具备相应的监管条件，如隔离设施、监控设备等，防止货物被盗、损坏或非法转移2.
货物查验与核对：海关有权随时对保税区内的货物进行查验，核对货物的实际数量、品种、规格等与申报信息是否一致，检查货物的包装、标识、质量等是否符合要求，确保货物的真实性和合法性12.
禁止与限制物品监管：明确规定国家禁止进出口的货物、物品不得进出保税区，对于限制类货物，如实行出口被动配额管理的货物等，严格按照相关规定进行监管，防止违规存储和流通12.
分类管理：根据货物的性质、用途、来源等对保税区内的货物进行分类监管，不同类型的货物适用不同的监管政策和要求，如保税货物、免税货物、一般贸易货物等，分别建立相应的账册和监管制度，实施有针对性的管理措施12.
进出境监管：对于保税区与境外之间进出的货物，由货物的收货人、发货人或其代理人向海关备案，除实行出口被动配额管理的外，不实行进出口配额、许可证管理。从境外进入保税区的货物，按照相关规定办理进口关税和进口环节税收的征免手续。对于保税区与非保税区之间进出的货物，按照进口货物和出口货物分别办理手续，严格监管货物的流向和税收征管1.
区内流转监管：保税区内的货物可以在区内企业之间转让、转移，但双方当事人应当就转让、转移事项向海关备案。海关对区内货物的流转过程进行监控，确保货物的流转符合相关规定，防止出现未经授权的转让、挪用等情况1.
加工贸易监管：对区内的加工贸易企业，要求其向海关办理所需料、件进出保税区备案手续，对加工过程中产生的边角余料、制成品等的流向进行严格监管，根据不同的情况办理相应的海关手续，并依法征收或免征关税1.
特殊业务监管：对于保税区内的转口货物、展示货物等特殊业务，海关也制定了相应的监管措施。例如，转口货物可以在区内仓库或者区内其他场所进行分级、挑选、刷贴标志、改换包装形式等简单加工，但需接受海关监管；区内企业举办境外商品和非保税区商品的展示活动，展示的商品也应当在海关的监管之下1.
