文件缺失：清关过程中如果缺少关键文件，如原产地证书、质量检验证书、进口许可证（对于某些受管制商品）等，海关可能会判定无法完成清关手续，从而将货物退回。例如，对于进口的药品，没有提供药品监督管理部门要求的注册文件和检验报告，海关会拒绝货物入境并安排退回。

文件错误或不符合要求：报关单上的信息填写错误，如货物名称、规格、数量、价值等与实际货物不符，或者文件格式不符合海关规定（如发票缺少必要的签名、盖章，文件语言不符合要求等），也会导致货物被退回。例如，报关单上的货物价值远低于实际价值，海关怀疑存在逃税行为，会要求重新申报，若无法提供合理证明，货物可能被退回。

货物与申报不符：这是比较常见的原因。如果实际货物的种类、质量、数量等与报关单所申报的内容不一致，海关会认为存在欺诈或违规行为。例如，申报进口的是全新电子产品，但实际货物是翻新的，或者申报的货物数量多于实际到货数量，这种情况下货物很可能被退回。

货物质量不符合标准：对于食品、药品、医疗器械等特殊商品，各国都有严格的质量和安全标准。如果进口货物不符合这些标准，如食品的微生物超标、药品的有效成分不足等，海关会禁止货物进入本国市场并退回。例如，进口的化妆品含有禁止使用的成分，不符合进口国的化妆品安全法规，就会被退回。

货物损坏或包装不良：在运输过程中，货物可能会遭受损坏，影响其正常使用或销售。如果损坏程度严重，海关可能会判定货物不符合进口要求而退回。此外，包装不良也可能导致货物被退回，如包装不牢固，可能在运输过程中造成货物泄漏、损坏，或者包装不符合进口国对于特定货物的包装规定（如对于危险化学品的包装有特殊要求）。

关税和税费未支付或支付不足：如果进口商未能按照海关规定缴纳关税、增值税、消费税等税费，或者缴纳的金额不足，海关会暂扣货物，并要求在一定期限内补缴。如果进口商未能及时补缴，海关可能会将货物退回。例如，对于进口的高价值珠宝，由于对其关税计算有误而少缴了关税，在海关通知补缴后仍未缴纳，货物就可能被退回。

税费计算争议未解决：当进口商和海关对关税或其他税费的计算存在争议，且经过沟通和申诉后仍无法达成一致，海关可能会选择将货物退回，以避免潜在的纠纷。例如，对于一种新型的多功能产品，进口商认为海关对其归类错误导致税费过高，但无法提供足够的证据来支持自己的观点，海关可能会退回货物。

违反进口国贸易政策或禁限运规定：如果货物违反了进口国的贸易政策，如进口国对某些国家或地区实施贸易制裁，禁止进口来自这些地方的特定产品，或者货物属于禁止或限制进口的商品范畴（如濒危动植物制品、某些军事用途的装备等），海关会依法将货物退回。例如，进口国禁止进口含有特定稀有金属的产品，而进口货物中含有该金属且未获得豁免，就会被退回。

不符合特殊监管区域要求（如果适用）：对于进入保税区、自由贸易区等特殊监管区域的货物，如果不符合这些区域的规定，如货物进入保税区后改变了其原本申报的用途（用于加工贸易的货物未经许可转为内销），也可能会被退回。